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高通量测序与基因分型平台

2024/4/29 16:40:25  来源:   阅读数:2031

简介:本平台主要进行高通量测序、单细胞测序、基因分型及测序、分型数据分析工作,配备万级标准洁净度PCR室,拥有高通量测序系统(HiSeq)、单细胞测序系统(10X Genomics、Split-Seq),高通量基因分型系统(iScan)及千核PB级计算机集群(IBM)及相关配套设备,并不断更新,对本中心和校内外的客户有偿提供高通量测序、单细胞测序、基因分型及数据分析服务。

地址: 番禺区大学城中山大学南基础实验楼F202

人员配置:负责人 1 名,技术员 4名。

联系电话: 020-39336805

平台主要服务内容:

1全基因组测序

全基因组测序(WGS) 可以全面挖掘DNA水平的遗传变异,包括较大的结构性变异CNV,SV、融合基因、病毒整合位点、非编码区突变,筛选疾病发生发展相关分子事件等。

2 外显子组测序

针对人类基因中大约180,000个外显子,约占人全部基因组1%,包含85%的致病突变。具有高深度,费用低,周期短等优点。在疾病遗传学和肿瘤体细胞突变检测及其应用中有重要作用。

3RNA转录组测序

平台主要基于Illumina高通量测序平台的转录组测序技术,可实现编码或者非编码RNA的建库、测序、信息分析及联合分析等,快速全面准确地获得与特定生物学过程相关的所有RNA转录本数据信息。

4单细胞转录组、基因组及ATAC(表观遗传)测序

区别于传统测序技术,单细胞测序以单个细胞为特定研究对象,区别于细胞群体的整体基因表达水平,精确揭示单个细胞内基因表达状态和基因结构信息,反映细胞间的异质性,深入理解其基因型和表型之间的相互关系,在肿瘤学、发育生物学、基础医学、临床诊断和药物开发等领域都具有重要作用。本平台基于10 X Genomics单细胞制备和自主优化的SPLIT-seq系统,可进行单细胞水平转录组、基因组及ATAC(表观遗传)测序。

5基因分型服务

本平台运用Illumina iScan芯片扫描系统,该系统使用高性能的光学检测系统,具有亚微米的分辨率、高信噪比、高灵敏度、检测极限低、动态范围广、通量高的优点,适用于生物标志物筛查或任何验证研究。

本平台可提供基因分型全套服务及上机服务。

针对基因分型服务,本平台主要使用Human Omni ZhongHua-8芯片,它是一款专为中国人设计的全基因组SNP基因分型芯片,覆盖了在中国人群体中发现的常有和稀有变异,适用于全基因组关联研究(GWAS)。拥有Illumina专利BeadArray™技术的OmniZhongHua-8芯片,可提供非常高的数据质量,平均检出率> 99%,重复率> 99.9%。高信噪比以及整体的低噪音水平可实现精确、可靠的检出和拷贝数分析。

此外,还可根据科研用户需求定制不同芯片,服务周期、费用视具体芯片采购周期、价格而定。

6个性化定制服务

本平台可根据科研用户需求,提供目标区域捕获、TMB、甲基化、基因组结构等个性化定制测序服务。

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