简介:本平台主要进行生物信息数据解析工作,配备高性能计算集群服务器,对本中心和校内外的客户有偿提供包括高通量测序组学数据、蛋白质组学数据、代谢组学数据和临床数据等在内的个性化分析与咨询服务。
地址: 越秀院区2号楼20楼生物信息平台
人员配置:负责人 3 名,技术员 3 名。
联系电话: 020-87342522
平台主要服务内容:
一、 基因组学
1. 二代测序数据分析:包括全基因组测序(WGS)、全外显子组测序(WES)以及捕获测序(target sequence)数据分析。针对全基因组范围与目标区域范围内检测体细胞或遗传突变与变异。分析内容包括:突变注释与统计、突变景观绘制、肿瘤突变负荷分析、突变特征提取与注释、拷贝数变异分析等基因组层面的分析。
二、 转录组学
1. 二代测序数据分析:根据文库内容(RNA-Seq,miRNA-Seq,lncRNA-Seq、DGE-Seq等)对数据进行对应的质控、参考数据比对以及定量注释与下游分析。分析内容主要包括:差异表达分析、通路富集分析、WGCNA共表达网络分析、可变剪切分析、序列保守性分析、靶向mRNA预测、小RNA属性分析(结构、保守性、家族分析等)、免疫浸润分析等。
2. 单细胞转录组数据:对数据进行质控,细胞注释并进行下游分析。主要分析内容包括:组间数据比较、分化分析、细胞通讯分析、转录因子调控网络分析、拷贝数异常与异质性分析、细胞干性分析、多样本联合分析等。
三、 蛋白质组学
1. 质谱数据分析:包括蛋白质谱数据、蛋白质修饰组学数据以及高通量蛋白筛选数据分析,主要用于蛋白质定量与修饰水平定性定量、蛋白质互作鉴定等。分析内容包括:差异蛋白分析、功能通路富集分析、亚细胞结构定位与结构域注释、蛋白质功能注释、修饰位点序列特征motif分析、修饰调控网络与蛋白质互作网络分析等。
四、 表观组学
1. 二代测序数据分析:包括ChIP-Seq、ATAC-Seq、BS-Seq、CLIP-Seq、MeDIP-Seq、MeRIP-Seq、RIP-Seq等,针对不同的测序数据类型进行数据质控、比对与下游分析。主要分析内容包括:全基因组甲基化图谱构建、甲基化区域分析、差异甲基化分析、启动子分析、功能富集分析、差异peak分析、motif分析、TSS区富集分析等。
五、 多组学联合与个性化分析
1. 多组学联合分析:结合多个层面组学数据(基因、RNA、蛋白质、表观、代谢等)进行联合分析。
2. 个性化分析:根据客户的需求定制个性化分析方案,以及根据客户提供的测序数据进行分析方案研究以满足复杂测序数据的分析需求。
3. 个性化绘图:根据客户需求与提供的信息进行个性化绘图。
六、 医学统计建模
七、 生物信息学培训