对于肿瘤干细胞的来源,学术界普遍认为来源于组织成体干细胞的恶性转化。早在2004年刘新垣院士主持召开的香山科学会议上,曾益新主任曾首次提出肿瘤细胞的一个重要特点就是基因组不稳定,它可以演变成为各种各样的基因型,这也是临床上所见到的肿瘤的异质性的根源。那些与干细胞表型相似的肿瘤细胞能够耐受化疗和放疗,成为复发和转移的“种子”。曾益新认为导致DNA损伤的治疗会加剧肿瘤细胞业已存在的基因组不稳定性,加大产生肿瘤干细胞的可能性。他认为由组织干细胞恶变产生的细胞可以称为肿瘤干细胞,而由普通肿瘤细胞因为基因组不稳定而产生的细胞应该称为“干细胞样肿瘤细胞”(stem-like cancer cells, SLCC)。他的观点在会上引起热烈争论。